При назначении судом расследования деятельности подпавших под подозрения субъектов хозяйственной деятельности проводятся финансово-экономическая и бухгалтерская экспертизы. Это вполне самостоятельные экспертные аналитические исследования. При проведении ФЭЭ (финансово-экономической экспертизы) проверяются и анализируются финансово-экономические показатели хозяйственной деятельности подпавшего под проверку объекта. Финансово – экономическая экспертиза содержит несколько проверяющих этапов:

• проверяются начисления налоговых платежей и выявляются заниженные показатели начисленных налогов;
• исследуются суммы уплаченных налогов, это позволяет определить полноту перечислений по каждому виду налога;
• сверяются показатели бухгалтерской и налоговой отчетности налогоплательщика и определяются различия показателей текущего периода от их аналогов за предыдущие периоды. Для недавно работающих субъектов проверки - выявляются отклонения от средне-статических данных аналогичных хозяйствующих субъектов. Анализируются противоречия в поданных на проверку документах, наличие несоответствия с поданной в налоговую инспекцию информацией.
• анализируются причины и факторы, которые влияют на формирование базы для налогообложения.

Финансово-экономическую экспертизу вправе проводить только опытные эксперты, достоверность проверки которых не вызывает сомнения. Проведенная бухгалтерская экспертиза опытным экспертом в области судебно-бухгалтерских экспертиз, помогает разобраться и установить в кратчайшие сроки проверки правильность и достоверность ведения бухгалтерского учета и сданной отчетности хозяйствующего субъекта в контролирующие органы.

Материалом судебно-экономической экспертизы (СЭЭ) являются финансовые операции, отраженные в бухгалтерском учете хозяйствующего субъекта. Главной задачей СЭЭ - выявление преднамеренных искажений в имеющейся экономической информации. Предметом для проверки являются все материалы - документы финансово-хозяйственной деятельности, акты налоговых проверок или заключения посторонних несудебных экспертных организаций и прочие документы. Судебно-экономическая экспертиза по роду своих исследований разделяется на СБЭ (судебно-бухгалтерскую экспертизу) и СФЭЭ (судебную финансово-экономическую экспертизу).

Субъектами для назначения проведения судебной финансово-экономической экспертизы являются те налогоплательщики, которые попали под обоснованные подозрения неуплаты налогов в налоговых органах. Также субъекты, применяющие схемы уменьшения налоговых обязательств, и (или) итог анализа финансовой деятельности у которых свидетельствовал о налоговых правонарушениях.
Судебная бухгалтерская экспертиза использует известные и проверенные научные приемы - индукцию, анализ, дедукцию, синтез, моделирование, абстрагирование. Также применяются специальные методики, подразделяющиеся на документальные и расчетно-аналитические методы. В результате все методы обобщаются и результаты анализируются. СБЭ отвечает за такие параметры проведенной работы:

• достоверность и правильность оформленных и проведенных бухгалтерских операций;
• совпадение имеющихся и выполненной отчетности;
• соответствие отраженных операций правилам законодательных актов ведения бухучета;
• обоснованность и правильность оприходования и списания всех материальных ценностей и денежных средств;
• выявленные недостачи и излишки, кражи, мошенничество, за причиненный объем материального ущерба;
• соответствие бухгалтерского учета на проверяемых объектах.